Obwohl sich seit Mitte der 1990er Jahre die Missstände und Funktionsschwächen in der Innenstadt häuften, war es zunächst kaum vorstellbar, die Innenstadt als Sanierungsgebiet auszuweisen. Die rechtlichen Bestimmungen sahen diese Maßnahme in der Regel nur für Quartiere mit einer Bausubstanz aus den Jahren vor 1949 vor. Erst als Vertretende der städtischen Verwaltung und engagierte Gewerbetreibende beim damaligen Bundesminister für Bau- und Wohnungswesen und beim Landesministerium in Potsdam vorstellig wurden, eröffnete sich für Frankfurt (Oder) eine Ausnahmemöglichkeit.
Das „Pilotprojekt“ ermöglicht es, öffentliche Fördermittel zur Steigerung der Aufenthaltsqualität in der Innenstadt einzusetzen. Das betrifft maßgeblich die Neugestaltung der öffentlichen Räume und der wenigen historischen Gebäude. Die Sanierung der Wohngebäude wurde hingegen weitgehend von den jeweiligen Eigentümer selbst organisiert und finanziert.
Am 25.09.1997 fasste die Stadtverordnetenversammlung den Beschluss, vorbereitende Untersuchungen einzuleiten. Diese hatte einerseits zu prüfen, ob eine Sanierungsgebietsausweisung notwendig ist, um den weiteren Verödungsprozess zu stoppen. Andererseits sollte ein städtebauliches Neuordnungskonzept erarbeitet werden, das die Sanierungsziele in entsprechenden Plänen deutlich macht und die Abfolge einzelner Vorhaben und Projekte benennt. Der Beschluss über die Sanierungssatzung gemäß § 142 BauGB wurde Ende Februar 1999 von der Stadtverordnetenversammlung gefasst.
Seit dem Jahr 2002 ist die Frankfurter Innenstadt mit angrenzenden Bereichen zusätzlich als Stadtumbaugebiet "Zentrum" gemäß § 171b BauGB festgelegt. Der Fokus im Stadtumbaugebiet "Zentrum" liegt in der Aufwertung und weniger im Rückbau von Gebäuden. Der Rückbau findet vorrangig in den äußeren Stadtumbaugebieten in Frankfurt (Oder) statt. Am 16. Februar 2023 wurde von der Stadtverordnetenversammlung Frankfurt (Oder) das Stadtumbaugebiet "Zentrum/Nord" im Rahmen der städtebaulichen Gesamtmaßnahme „Wachstum und nachhaltige Erneuerung“ (WNE) förmlich festgelegt.
Das Neuordnungskonzept ist mit den Sanierungszielen das zentrale Steuerungsinstrument im Sanierungsgebiet. Der Plan zeigt, wie die Frankfurter Innenstadt zukünftig aussehen soll. Die rot markierten Gebäude stellen bauliche Ergänzungen dar, ohne bereits die Architektur vorwegzunehmen.
Das erste Neuordnungskonzept wurde zu Beginn des Sanierungszeitraums 1998 erarbeitet. Nachdem die 2. Fortschreibung des Stadtumbaukonzeptes und das Integrierte Stadtentwicklungskonzept (INSEK) vorlagen, wurde das Neuordnungskonzept unter intensiver Abstimmung mit den genannten Konzepten fortgeschrieben. Die Fortschreibung des Neuordnungskonzeptes wurde am 30. Juni 2009 von der Stadtverordnetenversammlung Frankfurt (Oder) beschlossen.
